Semua standar keamanan makanan GFSI (Global Food Safety Initiative) dan pengecer memiliki ekspektasi tingkat tinggi dan persyaratan preskriptif untuk alergen. Namun, ini seringkali terbatas pada operasi langsung dari fasilitas manufaktur dan tidak serta merta termasuk risiko alergen di sektor rantai pasokan makanan lainnya. Ada sedikit keuntungan yang bisa didapat jika produsen memiliki kontrol yang ketat untuk mencegah kontaminasi melalui peralatan dan proses produksi, jika bahan baku yang mengandung alergen yang tidak terduga kemudian diterima dan digunakan.

Alergen yang tidak dideklarasikan dalam makanan atau bahan mentah yang diproduksi berpotensi memiliki dampak global karena volume yang tinggi dan jaringan distribusi yang luas. Layanan makanan menghadapi risiko yang sama, tetapi biasanya memiliki dampak yang lebih lokal. Tantangan saat ini berasal dari rantai pasokan makanan kita yang semakin kompleks dan kebiasaan makan yang berubah. Hal ini ditambah dengan ketergantungan pada pelabelan yang akurat untuk mengomunikasikan risiko alergen kepada orang atau komunitas yang rentan.

Fasilitas manufaktur makanan biasanya menangani berbagai alergen yang perlu dikelola mulai dari penerimaan, hingga penyimpanan, pemrosesan, pengemasan, pelabelan, dan distribusi. Kontaminasi alergen langsung dapat disebabkan oleh:
• Manajemen sistem yang buruk, kurangnya kontrol proses dan penerapan yang tidak efektif di area produksi yang membutuhkan pemisahan fisik atau waktu antara alergen dan non-alergen.
• Desain peralatan yang buruk dan prosedur pembersihan yang tidak memadai yang memungkinkan residu produksi tetap ada dan mencemari proses produksi berikutnya.
• Pengenalan alergen baru melalui uji coba pengembangan produk dan area non-produksi seperti kantin staf dan mesin penjual otomatis.